Ildefonsas Stonys gimė 1914 m. sausio 28 d. Panevėžio apskrityje, Troškūnų valsčiuje, Žemaitiškio vienkiemyje, Jono Stonio ir Petronėlės Šimonytės šeimoje.
Mokėsi Troškūnų pradžios mokykloje, vėliau – Anykščių vidurinėje mokykloje.
Už pasipriešinimą okupacinei sovietų valdžiai nuo 1945 m. vasario 23 d. iki 1954 m. lapkričio 1 d. kaip politinis kalinys kalėjo Irkutsko srityje ir gyveno tremtyje Karagandoje iki 1956 m. vasario 13 d.
Grįžęs į Lietuvą, apsigyveno Kaune. 1956 m. gegužės 5 d. vedė Stanislavą Krenchinaitę (gimusią 1920 m. birželio 8 d. Panevėžio apskrityje, Troškūnų valsčiuje, Mašinkų kaime, Juozapo Krenchino ir Elenos Chmieliauskaitės šeimoje).
Dirbo statant Lietuvos elektrinę Elektrėnuose, vėliau inžinieriumi Kauno namų statybos kombinate.
Užaugino dvi dukras: gydytoją Liną (g. 1957 m. balandžio 16 d.) ir filologę Juditą (g. 1965 m. kovo 5 d.). Jų šeimose užaugo penki vaikai: Giedrius, Aušrinė, Vismantė, Skirmantas ir Mingailė.
Lietuvai atgaunant nepriklausomybę, 1990 m. rugsėjo 25 d. Lietuvos Respublikos pripažintas nekaltu, atkuriant visas jo teises.
Mirė 1993 m. balandžio 23 d. Kaune.